L'église
Cette chapelle, devenue église paroissiale après son rachat en 1830 par la municipalité, se présente actuellement sous la forme d'un plan en croix latine composée d'une nef à deux travées, d'un transept aux bras rectangulaires et d'un chœur à chevet plat avec un clocher carré à l'angle Sud du chœur et du transept. Extérieurement cet édifice ne présente aucun élément décoratif à l'exception, dans le mur Est du chevet, de la grande fenêtre en arc brisé dont l'archivolte est ornée à son sommet d'une tête de moine regardant vers le bas une Harpie (divinité avec tête de femme et corps d'oiseau pourvoyeuse des enfers) et un Basilic (figure démoniaque symbolisée par un coq couronné couvant un œuf de serpent). Comment ne pas voir dans cette évocation Saint Antoine assailli par les monstres infernaux ? . Le mur pignon est percé d'une porte d'entrée en plein cintre encadrée par deux guichets qui ont été obturés au XIX° siècle et dont subsistent les gonds des volets qui les fermaient. Au-dessus de ces ouvertures on peut apercevoir les arrachements de la voute qui couvrait le passage menant au pont. Plusieurs croix en tau (T) sont gravées dans la pierre à la base de ce mur et sur sa face Sud. Au sommet de ce mur, à l'angle Nord Ouest du contrefort subsiste les traces d'une bretèche en brique avec un petit jour en forme de meurtrière datant vraisemblablement des guerres de religion.
Selon l'étude réalisée en 2005 sous la direction d'Evelyne BALLION, architecte du patrimoine DPLG chargée après la rénovation du pont de celle de l'église et les recherches de Laurent CHAVIER, historien de l'art, il résulte que « l'homogénéité de l’appareil de l'édifice adoptait dès sa constitution au XIII° siècle un plan de croix latine. L'édifice conserve de sa construction primitive la totalité de ses murs, malgré la disparition de plusieurs contreforts et les multiples modifications des baies. A l'intérieur, l'analyse des croisées d'ogives indique clairement que l'ensemble ne date pas du XIII° siècle. Seules les voutes du chœur et de la croisée, avec des ogives en profil d'amande avec listel dateraient selon Michèle Gaborit du XIII° siècle, les autres furent probablement réalisées à la fin du XV° siècle ou au XVI°. Par contre les colonnes et les chapiteaux étaient en place dès le XIII° siècle, tout était donc prévu pour que l'édifice soit voûté dans son intégralité. Les voutes primitives ont-elles été détruites ou jamais construites, aucun élément ne permet de trancher la question. ».
A une époque indéterminée, il avait été élevé un mur entre les deux premières travées de la nef isolant ainsi la partie de la chapelle réservée à l'accueil des malades et des pèlerins. De ce fait la partie réservée au culte avait pris la forme d'une croix grecque. Lors d'importants travaux de réparation entrepris en 1861 et 1862, l'architecte Jules ROBERT fit abattre ce fameux mur ce qui provoqua la colère de Léo DROUYN : « Je ne puis m'empêcher de protester contre un pareil acte de vandalisme qui enlève à ce monument, unique dans le département, tout son caractère primitif et donne à l'église un nombre pair de travées, ce qui ne se voit presque jamais. ». Pour mettre fin à la polémique, Jules ROBERT adressa aux membres de la commission des Monuments Historiques une longue lettre solidement argumentée pour justifier que l'église avait bien retrouvée à la suite de ces travaux sa forme primitive.
Le décor architectural intérieur est très riche. Les clefs des voûtes de la nef sont ornées du tau des Antonins et de la croix de Malte, celles des bras du transept de fleurons et celle du chœur de l'agneau tenant avec sa patte avant droite recourbée l'étendard du Christ avec la croix. « Ce thème apparaît très fréquemment en Aquitaine sur les clefs de voûtes du XIII° , dans les travées du chœur, où il est vraisemblablement en relation avec l'autel situé non loin de là. » (Michelle GABORIT in Des Histoires et des Couleurs Peintures murales médiévales en Aquitaine éd. Confluences). Le profil très original des nervures des voûtes du chœur et du transept ainsi que le chapiteau de l'angle Sud Est de la croisée figurent avec d'autres nombreux dessins au chapitre consacré à Pondaurat dans le volume 6 des albums de dessins de Léo DROUYN des éditions de l'Entre-deux-Mers. Tous les chapiteaux sont ornés de motifs floraux ou végétaux qui ne sont pas sans rappeler le rôle des Antonins dans la médecine et la pharmacologie. Le décor sculpté le plus original et qui mériterait une étude approfondie est sans conteste la vingtaine de figurines qui ornent les culs-de-lampe des ogives et formerets des voûtes où l'on peut voir notamment des goitreux ou un être grotesque cherchant des poux dans la tête d'un autre personnage. Là encore le rôle hospitalier des Antonins est mis en exergue. N'oublions pas que chaque malade avant d'être soigné devait être épouillé et ses vêtements ébouillantés.
Le décor peint, restauré récemment reprend essentiellement celui qui existait au XIX° siècle. Les sondages effectués lors de cette restauration n'ont révélé que quelques vestiges de décors médiévaux de part et d'autre de la grande fenêtre du chœur. En ce qui concerne les vitraux, le plus ancien est celui de la grande fenêtre du chœur signé et daté de 1858. Il est l'œuvre d'Etienne Hormidas THEVENOT (1797 – 1862), personnage intéressant, ancien maréchal des logis de la Garde du corps de Charles X qui, à la suite de la révolution de 1830 « cassa son sabre » et se retira dans sa ville natale, Clermont-Ferrand, pour se consacrer à l'archéologie et à l'art du vitrail. Inspecteur puis conservateur des Monuments Historiques du Puy-de-Dôme, il fut l'ami de Mérimée. Son vitrail représente Saint Antoine et Saint Martin, les deux saints patrons de Pondaurat, avec au-dessus, les armoiries du cardinal Donnet, L'atelier bordelais de Pierre Gustave DAGRAND (ou DAGRANT) a réalisé les vitraux représentant saint Joseph, signé et daté de 1888, ainsi que ceux représentant Saint Pierre et l'apparition de la Vierge à Bernadette. L'atelier de Charles LORIN à Chartres a réalisé les quatre derniers vitraux au tout début du XX° siècle. L'un, non signé, symbolise la France présentée à Marie et l'enfant Jésus par Jeanne d'Arc en armure, sujet alors d'actualité en pleine période de séparation de l'Eglise et de l'Etat. Le deuxième vitrail, signé, représente Marie Madeleine lavant les pieds de Jésus au repas de Simon. Le troisième, signé, retrace le miracle de saint Isidore, sujet agreste qui a permis à l'artiste de représenter en arrière-plan le pont médiéval et le château de la Tour, propriété de la donatrice, Marie Thérèse de Carbonnier de Marzac. Le quatrième, signé, est un petit vitrail à décor végétal se trouvant dans le chœur. Une fausse rosace et cinq vitraux peints en trompe-l’œil reprennent le style de LORIN et de DAGRAND. En ce qui concerne le mobilier il est intéressant de noter, au-dessus des autels des bras du transept, la présence de statues en bois polychrome du XVII° siècle, l'une représentant la Vierge à l'enfant (classée MH) et l'autre saint Antoine. Au mur Sud de la nef est accrochée une huile sur toile du XVIII° siècle (110 x 94 cm) de bonne facture représentant la visite de la Vierge à sa cousine Elisabeth.